Bei Certagen und in der VHL Gruppe verwenden wir verschiedene Techniken, unter anderem die folgenden.
DNA-Extraktion
Für alle Genotypisierungsprojekte bietet Certagen umfassende DNA-Extraktionsdienste an. Dieser Service ist sowohl als Teil eines Genotypisierungsprojektpakets als auch als eigenständiges Angebot verfügbar. Im eigenständigen Service können Kunden Rohmaterialien wie Samen, Blätter oder Haare einreichen und im Gegenzug 96-Well-Platten mit extrahierter DNA erhalten.
Certagen bietet zwei verschiedene Arten von DNA-Extraktionsdiensten an. Der erste ist auf Low-End-Genotypisierungstechniken wie KASP (SNP), Fragmentanalyse (STR, SSR, VNTR) und TaqMan (qPCR, SNP) zugeschnitten. Das zweite, fortschrittlichere Protokoll ist für anspruchsvolle Anwendungen wie die Genotypisierung durch Sequenzierung oder die BeadChips-Analyse optimiert. Zusätzlich können bei Bedarf RNAse-Behandlung und Normalisierungsverfahren auf die extrahierte DNA angewendet werden, um deren Qualität und Integrität sicherzustellen.
KASP
Der KASP™ (Kompetitive Allel-spezifische PCR) Genotypisierungsassay nutzt eine homogene Fluoreszenz (FRET)-Technik zur präzisen bi-allelen Diskriminierung bekannter SNPs und InDels (Insertionen/Deletionen). Im Gegensatz zu anderen PCR-basierten Assays benötigt KASP keine markierungsspezifischen Primer/Sonden und bietet eine große Flexibilität im Assay-Design sowie höhere Erfolgsraten, auch für große InDels.
Zentral für KASP ist die Verwendung eines universellen FRET-Kassetten-Reporter-Systems, das auf dual markierten Sonden verzichtet. Jeder allelspezifische Vorwärtsprimer hat eine Sequenz, die einer der beiden FRET-Kassetten entspricht: FAM-Farbstoff oder HEX-Farbstoff. Diese Innovation ermöglicht es KASP, in miniaturisierten Reaktionsvolumina zu arbeiten (10 µL in 96-Well-PCR-Platten, 5 µL in 384-Well-PCR-Platten und 1 µL in 1536-Well-PCR-Platten), während individuelle PCR-Reaktionen aufrechterhalten werden.
KASP zeigt eine bemerkenswerte Vielseitigkeit und kann von 1 bis 100 Markern verwendet werden.
Genotypisierungsarrays / Genomscan
Certagen bietet eine umfassende Auswahl an BeadChips, einschließlich benutzerdefinierter Arrays und Standard-Illumina-Arrays. Diese Arrays enthalten SNP-Marker, die sich ideal für eine Vielzahl genetischer Anwendungen sowohl bei Tieren als auch bei Pflanzen eignen.
Unsere Arrays können projektweise eingesetzt werden und wertvolle Einblicke in den genomischen Hintergrund von Rinderzuchtlinien und -populationen liefern.
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Für maßgeschneiderte Vorschläge, die auf Ihre genetischen Anfragen zugeschnitten sind, kontaktieren Sie uns bitte.