Die PCR-basierte KASP™ (Kompetitive Allel-spezifische PCR) Genotypisierungsanalyse ist eine homogene, fluoreszenzbasierte (FRET) Technik, die eine präzise bi-alleliche Diskriminierung bekannter SNPs und InDels ermöglicht. Im Gegensatz zu anderen PCR-basierten Genotypisierungsassays erfordert KASP keine Markierung der zielgenspezifischen Primer/Sonden.
Diese Eigenschaft verleiht KASP eine außergewöhnliche Flexibilität im Assay-Design, was zu einer insgesamt höheren Erfolgsrate und der einzigartigen Fähigkeit führt, große/mega InDels zu genotypisieren.
KASP-Technologie
Ein entscheidender Aspekt der KASP-Technologie ist die Verwendung eines universellen FRET-Kassetten-Reporter-Systems, was die Notwendigkeit von dual markierten Sonden überflüssig macht. Die beiden allelspezifischen Vorwärtsprimer besitzen jeweils eine Schwanzsequenz, die einer der beiden FRET-Kassetten entspricht: eine markiert mit FAM-Farbstoff und die andere mit HEX-Farbstoff. Dieser technologische Fortschritt ermöglicht es KASP, bei miniaturisierten Reaktionsvolumina durchgeführt zu werden (10 µL in 96-Well-PCR-Platten, 5 µL in 384-Well-PCR-Platten; 1 µL in 1536-Well-PCR-Platten), während gleichzeitig der Vorteil einzelner PCR-Reaktionen genutzt wird.
KASP ist äußerst anpassungsfähig für ein Spektrum von 1–100 Markern und dient als hervorragende Lösung für das Screening von Pflanzenvarianten.
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